Операционное отделение включает в себя операционный блок на 4 операционных зала, 5 операционных столов. Кроме того, отдельные операционные расположены на базе урологического, гинекологического и офтальмологических отделений, также две операционных развернуты на базе поликлиники. Всего в распоряжении операционного отделения имеется 12 операционных столов.

Операционное отделение оснащено современным медицинским оборудованием, включающим в себя эндоскопические стойки, оборудование компьютерной навигации для эндопротезирования коленного сустава, силовое оборудование для обработки костей и другое оборудование в соответствии с порядком оказания медицинской помощи.