Эндоскопическое отделение госпиталя организовано в 1995 году.
Основная задача работы — это диагностика заболеваний желудочно-кишечного тракта (ЖКТ) и трахео-бронхиального дерева (ТБД). Отделение оснащено высокотехнологичным, современным цифровым оборудованием фирмы Olympus и Pentax (Япония). Выполняются все требования к обработке аппаратов и инструментов.

При необходимости при исследовании выполняются:
Биопсия (взятие маленьких кусочков ткани для гистологического исследования, в том числе на Helicobacter pylori);
Хромоскопия (это нанесение специальных безвредных красителей на слизистую желудка или кишечника во время исследования с целью расширения возможностей выявления мелких поражений слизистой, детализации их протяженности, границ и структурных особенностей).